Учащиеся поступали во вновь открытую консерваторию в довольно значительном для начала числе, так, в первом полугодии числилось: своекоштных учеников и учениц слишком 100, стипендиатов Музыкального Общества было 12, и шесть – частных лиц, а вольнослушающих было 33. Стипендии в консерватории имели значение освобождения от платы за обучение и первоначально возникли, главным образом, из желания иметь учащихся на всех оркестровых инструментах, чтобы в будущем было возможно надеяться на собственный консерваторский оркестр. Этого будущего пришлось однако ждать очень долго. Так как желающих учиться на духовых инструментах почти не было, то дирекция Музыкального Общества открыла для обучения на этих инструментах несколько бесплатных вакансий или стипендий, так что из числа десяти учившихся на духовых инструментах, восемь были стипендиатами Общества. Сверх того Общество имело двух стипендиатов в классах пения и двух в классах скрипки.

В первые годы существования консерватории уровень требований от поступающих в нее был по необходимости очень низкий, ибо только учившиеся раньше в классах музыкального Общества имели некоторую теоретическую подготовку, все остальные должны были начинать теорию музыки с элементарного курса, в который зачислялись все поступающие в консерватории без различия степени их подготовки по игре на каком-либо инструменте, главным образом, конечно, на фортепиано. В первом 1866-67 учебном году в профессорских, т.е. старших классах фортепиано было в первом полугодии 38, а во втором 35; в младших, т.е. в классах адъюнктов было 43 и 44. Конечно, тогдашние требования для поступления в фортепианные классы были несравненно ниже требований позднейшего времени, но во всяком случае значительное число поступавших имело более или менее удовлетворительную подготовку. Классы теории музыки делились на элементарный и гармонический, в первом из них число учащихся было в первом полугодии 98, а во втором – 104, между тем как в гармоническом в обоих полугодиях было по 32.

В следующие года это отношение постепенно изменилось таким образом, что в классах фортепиано постоянно возрастало процентное отношение младших классов к старшим, а в теоретических – наоборот. Постепенно также уменьшалось число вольных слушателей, изучавших какой-либо отдельный предмет, а число учащихся по общей программе консерватории увеличивалось.

На основании Устава консерватории решение всех главнейших вопросов педагогических и художественных, касавшихся внутреннего строя ее жизни, возлагалось на совет профессоров, членами которого были все профессора консерватории, за исключением профессоров игры на духовых инструментах, которые с самого основания консерватории и по сие время освобождаются от исполнения этой обязанности. Такое исключение сделано было на том основании, что заседания совета профессоров всегда бывают по вечерам, в свободное от классных занятий время, а профессора духовых инструментов, состоя на службе при Императорских театрах, не располагают свободными вечерами. Первое заседание совета профессоров происходило 27 сентября 1866 г. под председательством Н. Г. Рубинштейна, в составе членов: Б. О. Вальзек, А. Дора, А. И. Дюбюка, В. Н. Кашперова, Н. Д. Кашкина, Б. Коссмана, Э. Л. Лангера, Ф. Лауба, А. Р. Осберга и И. Венявского. Первым в заседании рассматривался вопрос о введении в программу преподавания итальянского языка для учащихся пению. Вопрос был решен в утвердительном смысле, и вскоре был приглашен преподавателем И. И. Нольчини. Обсуждались и другие, менее важные вопросы; в конце заседания единогласно и без баллотировки был избран секретарем совета проф. И. Венявский, исполнявший эти обязанности до выхода своего из консерватории, т.е. до конца 1866 г. Так как г. Венявский не владел достаточно русским языком, то протоколы заседаний совета велись им на французском. Вообще, не только первое время, но и впоследствии прения в заседаниях велись по-русски, по-французски и по-немецки. Только в последние года русский язык получил совершенное преобладание.

В ближайших затем заседаниях совета профессоров рассматривались вопросы, касавшиеся различных подробностей хода преподавания. Между прочим, был возбужден вопрос об ученических вечерах, окончательное разрешение которого было отложено до второго полугодия. Протокол 7-го заседания 21 декабря 1866 года был последним, составленным и подписанным г. Венявским, который вслед за тем вышел из состава профессоров консерватории и открыл собственную школу фортепианной игры, имевшую значительный успех, но просуществовавшую недолго, ибо г. Венявский вскоре совсем покинул Москву.

С января 1867 г. обязанности секретаря совета профессоров начал исполнять Г. А. Ларош. В заседании 31 января был установлен порядок экзаменов и состава экзаменационных комиссий; сверх того в том же заседании решено начать ученические вечера в консерватории с 7-го февраля и назначить их по одному в каждые две недели. На первое время кроме профессоров консерватории и учащихся на эти вечера никто не допускался.

К концу первого года существования консерватории были составлены подробные программы преподавания по некоторым музыкальным предметам, как-то по классу пения, фортепиано, элементарной теории и др. Тогда же установлено было, что полный курс пения распределяется на пять лет, а игры на инструментах – на шесть.

Что касается способов и приемов преподавания вообще, то они вырабатывались путем опыта. Прежняя практика не могла дать многого, ибо никаких музыкальных училищ в России до основания петербургской консерватории не существовало, а самое это учреждение возникло лишь за три года до московской консерватории и потому не могло еще дать какие-либо более или менее определенные указания из своего опыта. Заграничные консерватории нельзя было брать за образцы для сравнения, ибо уровень подготовки поступающих там необходимо должен был стоять на гораздо высшей ступени, нежели у нас, вследствие несравненно большего распространения в западноевропейском обществе музыкального образования. Все эти обстоятельства были причиной неустойчивости в программах преподавания общемузыкальных предметов в первые годы существования консерватории. Элементарный курс теории первоначально был соединен с преподаванием сольфеджио, для которого отдельного класса не существовало. Несмотря на чрезвычайную ограниченность собственно теоретических сведений, приобретавшихся в этом классе, практическое усвоение их, при совершенном отсутствии предварительной подготовки среди учащихся, представляло для них такие трудности, которые сравнительно лишь немногие одолевали в один год. Класс элементарной теории вследствие этого был растянут на два года, но строгого разграничения в курсах первого и второго года не было. Гармония, напротив, проходилась в один год. Затем все учащиеся поступали в контрапункт. Только с 1869-70 г. гармония разделена была на два годичных курса, а контрапункт стал достоянием одних специалистов по классам теории.

Н. Г. Рубинштейн с самого начала поставил высокие требования относительно общего музыкального развития учащихся и чрезвычайно ценил и поощрял успешные занятия по классам гармонии и вообще теории музыки. С другой стороны, он всеми силами своей неослабной энергии противился сильно проявлявшейся среди учащихся наклонности пренебрегать работами по теоретическим классам. Высокое положение теоретических классов Московской консерватории в настоящее время в значительной степени подготовлено было как энергией и неослабными заботами ее первого директора, так и талантом П. И. Чайковского, соединившимся в нем с чрезвычайной добросовестностью и аккуратностью в занятиях по его классам.

С января 1867 г. приглашены были вновь гг. Г. А. Ларош и Р. Зейлер. Г. А. Ларошу, только что окончившему курс в Петербургской консерватории, было поручено преподавание в классах элементарной теории и чтение лекций по истории музыки; г. Зейлер, получивший свое музыкальное образование в брюссельской консерватории, поступил преподавателем фортепиано по обязательному классу. В мае 1867 г. были произведены общие экзамены, на основании которых учащиеся были распределены по курсам.

Так как не было еще возможности устроить в консерватории класс оркестровой игры, а между тем в скрипичных классах были уже достаточно подготовленные ученики, то в видах необходимого для них практического упражнения директор, с согласия профессоров скрипки, назначил этих учеников участвовать в оркестре симфонических собраний музыкального Общества. С этого времени и до 1883 г. достаточно подготовленные ученики консерватории постоянно участвовали в оркестре симфонических собраний. Учащиеся в классах пения, начиная с 3-го курса, обязаны были участвовать в хоре музыкального Общества. Пение в хоре было также обязательно и для инструменталистов, не участвовавших в оркестре, но перешедших в хоровой класс, который начинался тогда с переходом в гармонию.

В конце декабря 1867 г. Москву посетил Гектор Берлиоз. Между прочим, в честь его был дан в зале консерватории обед, на котором, кроме директора музыкального Общества, профессоров консерватории были также и различные почитатели таланта знаменитого композитора. Обед прошел очень оживленно; за столом многие говорили речи, в том числе и сам Берлиоз. На память о посещении консерватории Берлиоз написал на классной доске мелодическую фразу в несколько тактов; этот автограф хранится в Музее Консерватории.

В 1867-68 учебном году открылись в консерватории некоторые новые классы. Двое из учащихся (Д. Кашкин и Н. Муромцева) выдержали экзамен из гармонии, и для них был устроен класс контрапункта, порученный Г. А.  Вместе с тем г. Ларош взял на себя один из параллельных классов гармонии и прекратил преподавание элементарной теории. С сентября 1867 г. открыты класс игры на контрабасе, профессором которого был приглашен артист Императорских театров Г. Ф. Шпекин, состоящий и по настоящее время при этой должности в консерватории. С января 1868 г. был открыт класс игры на фаготе и профессором был приглашен К. Ф. Эзер, артист Императорских театров. В мае 1868 г. Г. Я. Сетов прекратил преподавание в консерватории. В этом учебном году открылся 3-й класс научных предметов, и вновь поступили преподавателями А. И. Кирпичников (всеобщая литература) и Н. И. Копосов. Постепенный рост числа учащихся в Консерватории за все 25-летие ее существования изложен в особой таблице.